引言
1982年,Weinberg等实验室在人类膀胱癌细胞T24/EJ中发现了HRAS,使得RAS成为第一个被发现的人类肿瘤基因,随后其他肿瘤基因KRAS和NRAS也陆续被发现。
但在之后几十年的时间里,始终未有针对KRAS基因的靶向药物成功开发,KRAS被视为“不可成药”的靶点。2021年首款KRAS G12C抑制剂Sotorasib上市使得KRAS一转成为肿瘤领域的热门靶点,然而其在上市后的临床和商业化进程却不尽如人意。
因此,能够靶向KRAS基因多种突变形式的泛KRAS抑制剂成为KRAS靶向药领域新的研究方向。
KRAS基因与癌症的紧密联系性
KRAS基因全称为Kirsten Rat Sarcoma Viral Oncogene Homolog,中文意为“Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物”,是一种原癌基因(Proto-Oncogene),编码一种称为KRAS的小GTPase转导蛋白。
KRAS蛋白是RAS/MAPK通路的一部分,可将信号从细胞外传递到细胞核,这些信号指示细胞生长和分裂或成熟并承担特殊功能,在调控细胞增殖、分化和存活的关键信号通路中起核心作用。
KRAS致癌原理
正常情况下,KRAS蛋白通过结合GTP(激活态)和GDP(失活态)的循环切换传递信号;然而,当KRAS发生致癌突变时,其GTP酶活性丧失,导致蛋白持续处于激活状态,驱动细胞不受控生长和肿瘤发生。
图 KRAS蛋白生理作用及致癌原理[1]
来源:文献资料
KRAS基因是RAS癌基因家族的核心成员,其功能异常直接驱动肿瘤发生,是癌症中最常见的突变基因之一。研究显示,KRAS基因突变与多达20%~30%的人类癌症相关。在人类癌症中,KRAS基因突变出现在接近70%的胰腺癌中,30-50%的结肠癌中,17%的子宫内膜癌中,20%的肺癌中。它也会在胆管癌、宫颈癌、黑色素瘤等癌症类型中出现[2]。
KRAS突变类型
在KRAS的基因突变中,97%是第12号或者第13号氨基酸残基发生了突变,其中最主要的是G12D、G12V、G13D这三种突变。
当KRAS发生G12D、G12V、G13D这几种突变后,会通过破坏GAP活性,KRAS会一直保持与GTP结合,将KRAS锁定在有酪氨酸激酶活跃状态,并不断激活下游信号通路(如PI3K,RAF-MEK-ERK,RAL-GEF等)。
下游的信号通路打开之后,刺激细胞增殖、迁移,最终形成恶性肿瘤[2]。
KRAS基因的三种主要突变
来源:文献资料
KRAS耐药机制
KRAS突变与化疗、EGFR靶向治疗的耐药可能存在相关性。2021年的一项研究显示,KRAS扩增可能是结直肠癌患者抗EGFR单克隆抗体原发耐药的原因[3];此后有多项研究报道KRAS G12A、G12C、G12D突变可介导耐药,见于2%~7%的耐药病例。
“不可成药”靶点的历史与挑战
由于与癌症的紧密联系性,KRAS长期被视为癌症治疗的“核心靶点”。但由于KRAS无特征、近乎球形的结构,缺乏适合小分子药物的结合位点,难以采用传统抑制活性位点的方式设计特异性抑制剂,使得KRAS在被发现后30余年的时间里被视为“不可靶向”的药物靶点。
KRAS靶点的成药难点
目前已知的KRAS的活性功能域,主要是KRAS与GDP或GTP结合的口袋状的功能域。KRAS与底物GTP的结合非常强,亲和系数达到皮摩尔浓度(10-12)级,而正常细胞里面GTP的浓度为微摩尔浓度(10-6)级。同时KRAS蛋白表面光滑,缺乏明显的药物结合口袋,传统小分子药物难以与其结合。因此难以通过竞争性抑制剂阻断KRAS蛋白的活性,使得直接靶向GTP口袋的核苷酸竞争抑制剂难以开发。
此外,KRAS突变种类多样,针对不同突变开发药物具有挑战性。同时KRAS的正常活性也是许多正常细胞功能所需要的活性,靶向突变型KRAS活性位点的小分子往往能抑制野生型KRAS活性,如果开发直接抑制KRAS的药物,药物毒性和副作用将会较大。且KRAS与NRAS、HRAS有很高的同源性,能抑制KRAS活性的药物,就很可能会抑制NRAS、HRAS的活性。
KRAS抑制剂商业化推进受阻
2018年,Wellspring Biosciences在Cell上发表了KRAS G12C抑制剂ARS-1620的临床前数据,引发了第一波大范围的KRAS研发热潮。KRAS抑制剂的研发取得了显著突破,尤其是针对特定突变位点(如G12C、G12D)抑制剂的开发。
2021年,首款KRAS G12C抑制剂Sotorasib获批,用于治疗既往接受过至少一次系统治疗的携带KRAS p.G12C突变的局部晚期或转移性非小细胞肺癌(NSCLC)成人患者,标志KRAS靶向治疗进入新阶段。
截至目前,全球已有4款KRAS抑制剂获批上市,均靶向KRAS G12C。据不完全统计,全球大约有70个以KRAS为靶点的在研项目,有一半以上的试验均围绕KRAS G12C抑制剂开展。
然而,KRAS G12C抑制剂产品上市后的商业化成绩不佳。
2021年Sotorasib上市后的三年中,销售额分别为0.9亿美元、2.85亿美元、2.8亿美元。除2023年10月未能说服美国FDA将Sotorasib从加速批准转为完全批准的影响外,自身的限制也是造成KRAS G12C抑制剂产品商业化推进受阻的因素。
另外,KRAS G12C抑制剂仅适用于G12C突变患者,对于其他突变或者野生型的患者并不适用,覆盖人群有限,使得批准上市的适应症范围较窄;同时部分患者在用药一段时间后会出现KRAS G12D、G12V等新的突变,或通过上游RTK信号激活绕过KRAS G12C抑制,导致产生耐药性。
泛KRAS抑制剂的研发进展
泛KRAS抑制剂是一类新型靶向抗癌药物,通过识别KRAS蛋白的共有结构特征(如Switch-II口袋),以共价或非共价结合方式广泛抑制包括G12C、G12D、G13D在内的多种突变形式,有望突破当前KRAS靶向药的覆盖度和耐药性方面的局限,被视为当前攻克KRAS驱动型癌症的关键方向。
研究显示,中国16.6%的肿瘤患者带有KRAS突变,而其中KRAS G12C只占所有 KRAS突变的14.5%[4]。泛KRAS对包括G12D、G12V等更多KRAS突变类型都有覆盖,临床价值将比针对单一突变的KRAS G12C更高。
耐药性是KRAS G12C抑制剂当前面临的主要挑战之一,泛KRAS抑制剂有望延长KRAS G12C耐药患者的治疗周期。如在临床方案中,先在KRAS突变体中使用突变体选择性抑制剂,产生耐药性后再选用泛KRAS抑制剂,从而在后期获得额外的临床效益。此外,泛KRAS抑制剂可以防止或延缓RAS突变之间的代偿性激活,减少耐药的发生,提高治疗效果。
目前泛KRAS抑制剂的研发目前尚处于早期阶段,当前全球在研的泛KRAS抑制剂共有多款,但是均处于临床前或早期临床阶段。
表 全球在研泛KRAS抑制剂(部分)
来源:药智数据,药智咨询整理
泛KRAS抑制剂的未来展望
PROTACs与分子胶是近年来发展迅速的两种靶向蛋白降解技术,通过不同的机制实现疾病治疗中的蛋白质降解,具备改变传统的药物研发方式的潜力;目前全球已有多家企业利用PROTAC或分子胶技术研发泛KRAS抑制剂。另一方面,量子计算结合人工智能已被用于泛KRAS抑制剂候选分子的发现。
分子胶
美国Revolution Medicines建立了“三元复合物抑制剂”研发平台,开发了一系列分子胶式大环拟肽类抑制剂。其中RMC-6236是由Revolution Medicines公司基于分子胶的作用机制研发的一种泛-RAS-on非共价抑制剂,目前已进入临床I期研究。RMC-6236可与伴侣蛋白亲环蛋白A(CYPA)结合,形成的二元复合物可结合不同的RAS(ON)蛋白,包括三个具有最常见突变位点(G12、G13和Q61)的致癌突变蛋白,从而形成三复合物—CYPA:drug:KRAS,从而破坏致癌信号传导和肿瘤生长[5]。
PROTACs
以PROTAC为代表的蛋白降解剂被认为是靶向传统上不可成药的蛋白的新机会。据不完全统计,靶向KRAS的PROTAC药物全球范围内已有20款左右在研,进展最快的已经进入I期临床,大多数药物靶向一种KRAS突变体。2024年的一项研究展现了一种名为ACBI3的小分子PROTAC选择性泛KRAS降解剂,研究证明其能够高效且选择性地降解17种最常见的KRAS突变体中的13种,靶向PROTAC耐受良好,且导致肿瘤消退[6]。研究认为,这些结果揭示了用PROTAC降解剂治疗KRAS驱动的癌症的新途径。
量子计算和人工智能
量子计算和人工智能等技术展现了变革药物发现流程的潜力。2025年1月的一项研究中,为了生成潜在新型KRAS抑制剂,研究人员将量子计算与经典计算方法相结合,提出了一种由量子变分生成模型(QCBM)和长短期记忆网络(LSTM)相结合的量子-经典混合框架模型。研究团队利用混合模型生成了100万种候选分子后,应用人工智能引擎进行过滤,最终确定了15种候选分子。其中,ISM061-018-2表现出了优于其他分子的与靶蛋白结合的效力,同时该分子即使在高浓度下也未表现出显著的非特异性细胞毒性,同时对另外五种常见突变型KRAS以及野生型HRAS、NRAS展示出了剂量依赖的抑制活性,展示了其作为具有全新结构的泛KRAS抑制剂的潜力[7]。
小结
KRAS是癌症中最常见的突变基因之一,被视为癌症治疗的核心靶点,但由于结构等因素的限制长期被视为“不可成药”靶点。KRAS G12C抑制剂的获批标志KRAS靶向治疗进入新阶段,但其临床和商业化进程不尽如人意。因此,泛KRAS抑制剂由于其在患者覆盖范围等方面的优势,被视为KRAS靶向治疗药物的新突破点,全球已有多条管线进入早期临床阶段。未来,分子胶、PROTAC技术和量子计算与人工智能将加速泛KRAS抑制剂的研发进程,为KRAS驱动型癌症患者带来持久临床获益。
参考文献
1.Christensen, J. G., Olson, P., Briere, T., Wiel, C., & Bergo, M. O. (2020). Targeting Krasg12c -mutant cancer with a mutation-specific inhibitor. Journal of internal medicine, 288(2), 183–191.
2.O'Sullivan, É., Keogh, A., Henderson, B., Finn, S. P., Gray, S. G., & Gately, K. (2023). Treatment Strategies for KRAS-Mutated Non-Small-Cell Lung Cancer. Cancers, 15(6), 1635.
3.Fang, T., Liang, T., Wang, Y., Wu, H., Liu, S., Xie, L., Zhang, Z., Liang, J., Yao, C., Tan, Y., & Wang, C. (2021). An Early-Onset Advanced Rectal Cancer Patient With Increased KRAS Gene Copy Number Showed A Primary Resistance to Cetuximab in Combination With Chemotherapy: A Case Report. Frontiers in oncology, 11, 755578.
责任编辑:惜姌
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